以下のように mknmz (の man) が namazu2 と namazu2-index-tools の両方に含まれていて，upgrade できない．https://bugs.debian.org/cgi-bin/bugreport.cgi?bug=833335に bug report もされている．
Unpacking namazu2 (2.0.21-15) over (2.0.21-12) ... dpkg: error processing archive /var/cache/apt/archives/namazu2_2.0.21-15_amd64.deb (--unpack): trying to overwrite '/usr/share/man/man1/mknmz.1.gz', which is also in package namazu2-index-tools 2.0.21-15 Processing triggers for man-db (2.7.5-1) ... Errors were encountered while processing: /var/cache/apt/archives/namazu2_2.0.21-15_amd64.deb
たしかに apt-get source namazu2 して fakeroot -f debian/rules binary すると mknmz.1.gz が namazu2 にも namazu2-index-tools にも含まれる．詳細は見ていないが，以下で直るっぽい．
--- debian/rules 2016-08-02 16:03:17.000000000 +0900
+++ debian/rules.new 2016-08-08 10:35:16.237076456 +0900
@@ -83,7 +83,7 @@
dh_installemacsen --priority=50
override_dh_installman:
- dh_installman man/mknmz.1 man/namazu.1
+ dh_installman man/namazu.1
override_dh_link:
-rm -rf $(CURDIR)/debian/namazu2-index-tools/usr/share/doc/namazu2-index-tools
追記(2016/08/22)
おそらく2.0.21-18 (その前に -16, -17 もあったが)で直っている気配．https://bugs.debian.org/cgi-bin/bugreport.cgi?bug=833335はそのままfixedにならないまま残っているようですが．