Debian GNU/Linux sid の pandoc (markdown (.md) を html 等に変換するあれ)がこのところ慌ただしく version up されて，仕様変更がかなりある．以下，stable の pandoc (1.17.2) と sid の pandoc (2.2) で比較．
インデント
インデントは either 4 spaces or one tab というのが標準的なのだが，2 spaces でも正しく解釈されるようになった．
pandoc 1.17.2% echo "
- A
- B
" | pandoc
<ul>
<li>A</li>
<li>B</li>
</ul>
pandoc 2.2% echo "
- A
- B
" | pandoc
<ul>
<li>A
<ul>
<li>B</li>
</ul></li>
</ul>
pandoc 1.17.2% echo "
- A
- B
" | pandoc
<ul>
<li>A
<ul>
<li>B</li>
</ul></li>
</ul>
pandoc 2.2% echo "
- A
- B
" | pandoc
<ul>
<li>A
<ul>
<li>B</li>
</ul></li>
</ul>smart
--- を em-dash (—), -- を en-dash (–), ... を省略記号(…)として出力したりする機能(smart)が default の挙動になった．以前の option は -S だったが，これは廃止されて，markdown-smart (smart off) や markdown+smart (smart on) のように format を指定する仕様に．
pandoc 1.17.2% echo "A - B -- C --- D ... Mr. Abc'" | pandoc
<p>A - B -- C --- D ... Mr. Abc'</p>
pandoc 1.17.2% echo "A - B -- C --- D ... Mr. Abc'" | pandoc -S
<p>A - B – C — D … Mr. Abc’</p>
pandoc 2.2% echo "A - B -- C --- D ... Mr. Abc'" | pandoc -f markdown-smart
<p>A - B -- C --- D ... Mr. Abc'</p>
pandoc 2.2% echo "A - B -- C --- D ... Mr. Abc'" | pandoc
<p>A - B – C — D … Mr. Abc’</p>わかりにくいかもしれないが，+smart の場合 Mr. の後は改行禁止のスペース(Non-breaking space; ,  )になっている．また single quote も全角 single quote (’; ’？)になる．
ついでに．．．'' や "" で囲んでいる場合，自動で左右の適切な quote に変換される．また \ で escape 可能．以下のとおり．
pandoc 2.2% echo "'A'" | pandoc
<p>‘A’</p>
pandoc 2.2% echo "\'A\'" | pandoc
<p>'A'</p>
pandoc 2.2% echo '"A"' | pandoc
<p>“A”</p>
pandoc 2.2% echo '\"A\"' | pandoc
<p>"A"</p>
pandoc 2.2% echo "A--B" | pandoc
<p>A–B</p>
pandoc 2.2% echo "A\--B" | pandoc
<p>A--B</p>追記 (2018/9/22)
行末の\の取り扱いが変更になっているらしく，これはちょっと悩ましい．
pandoc 1.17.2% pandoc
# Hi\
there
<h1 id="hi-there">Hi<br />
there</h1>
pandoc 2.2.1% pandoc
# Hi\
there
<h1 id="hi">Hi<br />
</h1>
<p>there</p>
pandoc 2.2.1% pandoc -f markdown-escaped_line_breaks
# Hi\
there
<h1 id="hithere">Hi
there</h1>
pandoc 2.2.1% pandoc -f markdown-escaped_line_breaks
# Hi<br />\
there
<h1 id="hi-there">Hi<br />
there</h1>Header でなければ一応挙動は同じっぽい．
pandoc 1.17.2% pandoc
Hi\
there
<p>Hi<br />
there</p>
pandoc 2.2.1% pandoc
Hi\
there
<p>Hi<br />
there</p>